CODEXOMICS · v0.722.0

AI 原生
基因组浏览器

把基因组加载进一个可交互的工作区，用自然语言让 AI 代理导航视图、调用工具并完成真实的生物信息学分析。

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macOS · Windows · Linux　|　MIT License

一个工作区，连接观察与分析

CodeXomics 将高性能基因组可视化、ChatBox、多 agent 运行时和可扩展工具集中在桌面应用中。

交互式可视化

浏览基因、序列、reads、variants、GC 轨道和自定义注释，从染色体尺度缩放到碱基级别。

AI ChatBox

连接 OpenAI、Anthropic、Google、DeepSeek、SiliconFlow、OpenRouter 或本地 LLM，让助手执行工具而不只是回答问题。

工具与插件

运行 BLAST、GC 分析、引物设计、蛋白结构查询和文献研究，也可通过插件扩展能力。

从数据到发现

探索基因组

加载 FASTA 或 GenBank，搜索特征并定位目标区域。

整合证据

叠加 GFF/GTF、BED、VCF、SAM/BAM、WIG 和其他轨道，比较不同证据。

提出问题

例如“计算选中区域 GC 含量”或“围绕 lacZ 设计引物并显示在序列轨道上”。

在真实视图中工作

CodeXomics 基因组浏览器总览
基因组浏览器、特征轨道、GC 含量和基因详情。
测序 reads 与参考序列轨道
覆盖度与碱基级 reads 对齐。
AlphaFold 蛋白结构查看器
由 ChatBox 驱动的 AlphaFold 结构查看。
序列轨道上的引物设计结果
将设计好的引物直接显示在序列轨道上。

几分钟开始使用

  1. 从 Releases 下载，或准备 Node.js 20/22 与 npm 10+。
  2. 在 Options → Configure LLMs 配置 provider 和模型。
  3. 通过 File → Load File 加载基因组。
  4. 在 ChatBox 输入分析请求，查看工具执行结果。
git clone https://github.com/Scilence2022/CodeXomics.git
cd CodeXomics
npm install
npm start

MCP：连接外部客户端

将 CodeXomics 作为 MCP server 接入兼容客户端。工具模式提供完整工具列表，agent 模式通过应用内 ChatBox 处理自然语言任务。 

npm run mcp-server
# 默认地址
HTTP/SSE: http://localhost:3002
WebSocket: ws://localhost:3003

# agent 模式
npm run mcp-server -- --mode=agent