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CodeXomics 中文入门

AI 原生基因组浏览器

CodeXomics 是一个跨平台 Electron 基因组工作台。你可以加载基因组数据，用 ChatBox 直接提问，让 AI 代理驱动视图、调用真实生物信息学工具并返回可复核的结果。

当前源码版本为 0.723.0，应用内显示为 v0.723。源码中尚未随安装包发布的改动见变更记录。

安装与首次启动

下载发行版

从 GitHub Releases 下载适合 macOS、Windows 或 Linux 的安装包并启动应用。

从源码安装

源码构建需要 Node.js 22.x（至少 22.12）和 npm 10 或更高版本。

git clone https://github.com/Scilence2022/CodeXomics.git
cd CodeXomics
npm install
npm start

首次启动后可按以下步骤打开基因组并启用 ChatBox。

  1. 打开 File → Load File → Genome File 加载基因组，或用 File → Open Project 打开 .prj.GAI 项目。
  2. 按 ⌘,（Windows/Linux 为 Ctrl+,）打开 Settings → Model Providers，保存服务商配置，在 Default Model 选项卡选择默认模型。所有设置都集中在这个窗口里，左侧可按类别浏览或直接搜索。
  3. 在 ChatBox 中提出一个具体问题，让助手导航、可视化或分析当前数据。

完整的英文步骤见 Getting Started Guide。

支持的数据格式

CodeXomics 可加载核苷酸 FASTA 和 GenBank（含 .gz），并叠加 GFF/GTF、BED、VCF、SAM/BAM 和 WIG/BigWig 数据。加载 BAM 前先打开对应的参考基因组，并将 .bai 或 .csi 索引放在 BAM 文件旁。KGML 可在通路查看器中打开。完整列表见数据格式表。

配置 AI provider

支持 OpenAI、Anthropic、Google、DeepSeek、SiliconFlow、OpenRouter、MiniMax（全球及中国）、Zhongkeyu 和兼容 OpenAI API 的 Custom Endpoint。保存服务商配置后，可以用 ChatBox 输入框旁的模型选择器为当前会话切换模型。

API key 仅应填写在本机应用的配置中，不要提交到源码仓库。provider 的详细字段和故障排查请参阅英文 LLM Configuration Guide 与 Troubleshooting Guide。

ChatBox 示例

加载基因组后，可以直接用自然语言提出请求。

查找所有 DNA polymerase 基因，并跳转到第一个结果。
计算当前选中区域的 GC 含量。
围绕 lacZ 设计引物，并在序列轨道上显示。
查询当前蛋白的 AlphaFold 结构。
为当前基因组创建本地 BLAST 数据库。
用 EcoRI 做虚拟酶切，并模拟琼脂糖凝胶电泳。

助手会根据请求选择工具，更新当前视图，并在 ChatBox 中返回结果。复杂任务可以由多个专用 agent 协作完成。更多操作见英文 User Guide。

MCP Server

如果客户端需要操作已加载的基因组，请同时启动 Electron 和带认证的 MCP 服务。

export CODEXOMICS_MCP_MASTER_KEY='replace-with-at-least-16-random-characters'
npm run start-with-mcp

在客户端使用 http://127.0.0.1:3002/mcp，并发送 Authorization: Bearer <key>。默认的工具模式按密钥权限提供工具。若要让 ChatBox 处理自然语言任务，请启动 agent 模式。

CODEXOMICS_MCP_MODE=agent npm run start-with-mcp

Agent 模式提供 codexomics_chat、list_genome_windows 和 switch_active_window。配置示例和协议细节见 MCP Server Guide。

英文详细指南