CodeXomics 中文入门¶
AI 原生基因组浏览器¶
CodeXomics 是一个跨平台 Electron 基因组工作台。你可以加载基因组数据，用 ChatBox 直接提问，让 AI 代理驱动视图、调用真实生物信息学工具并返回可复核的结果。
当前版本：0.722.0（应用内显示为 v0.722）。
安装与首次启动¶
下载发行版¶
从 GitHub Releases 下载适合 macOS、Windows 或 Linux 的安装包并启动应用。
从源码安装¶
源码构建需要 Node.js 20 或 22，以及 npm 10 或更高版本：
首次启动后：
- 打开
Options -> Configure LLMs，配置一个 AI provider。 - 使用
File -> Load File加载基因组，或用File -> Open Project打开.prj.GAI项目。 - 在 ChatBox 中提出一个具体问题，让助手导航、可视化或分析当前数据。
完整的英文步骤见 Getting Started Guide。
支持的数据格式¶
CodeXomics 支持 FASTA、GenBank、GFF/GTF、BED、VCF、SAM/BAM、WIG、KGML，以及 .prj.GAI 项目文件。你还可以在同一工作区叠加 reads、variants、定量轨道和自定义注释。
配置 AI provider¶
在 Options -> Configure LLMs 中选择并保存 provider。支持 OpenAI、Anthropic、Google、DeepSeek、SiliconFlow、OpenRouter，以及 OpenAI-compatible 的本地 LLM endpoint。按 provider 填写 API key、base URL（如需要）和模型，然后测试连接并保存。
API key 仅应填写在本机应用的配置中，不要提交到源码仓库。provider 的详细字段和故障排查请参阅英文 LLM Configuration Guide 与 Troubleshooting Guide。
ChatBox 示例¶
加载基因组后，可以直接用自然语言请求：
查找所有 DNA polymerase 基因，并跳转到第一个结果。
计算当前选中区域的 GC 含量。
围绕 lacZ 设计引物，并在序列轨道上显示。
查询当前蛋白的 AlphaFold 结构。
为当前基因组创建本地 BLAST 数据库。
助手会根据请求选择工具，更新当前视图，并在 ChatBox 中返回结果。复杂任务可以由多个专用 agent 协作完成。更多操作见英文 User Guide。
MCP Server¶
CodeXomics 可以作为 MCP server，为兼容 MCP 的客户端提供工具或 agent 模式。启动命令：
默认地址：
- HTTP/SSE：
http://localhost:3002 - WebSocket：
ws://localhost:3003
工具模式提供完整 MCP 工具列表；agent 模式提供 codexomics_chat、list_genome_windows 和 switch_active_window。配置示例和协议细节见英文 MCP Server Integration Guide。